Затворена континуирана ферментација

У затвореном систему континуиране ферментације, одређена метода се користи за задржавање ћелија у биореактору и континуирано повећање њиховог броја. У овим условима, одређени ограничавајући фактори се мењају у биореактору, што доводи до већине ћелијске смрти. Стога је у овом систему немогуће одржати стабилно стање. Затворена континуирана ферментација се може модификовати коришћењем опреме за отворену континуирану ферментацију, све док се нека бактеријска тела користе за рециркулацију. Други метод је коришћење одстојника или пунила постављених унутар опреме како би се омогућило бактеријама да расту на врху, а ферментациони бујон тече без или са врло мало ћелија.
Континуирана ферментација дијализне мембране је нова метода. Користи органску мембрану са микропорама за одвајање опреме за ферментацију. Ова мембрана може проћи само кроз производе ферментације, али не и кроз бактеријске ћелије. На овај начин, медијум културе се континуирано додаје у интервал са бактеријским телима у опреми за ферментацију, а продукти метаболизма микроорганизама континуирано излазе из другог интервала кроз мембрану за дијализу. У неким процесима ферментације, када акумулација метаболита у ферментационом бујону достигне одређени ниво, биће онемогућено да се даље акумулира. Међутим, употреба методе ферментације са дијализном мембраном може континуирано да дијализује метаболите, остављајући мало остатака у ферментационом бујону, чиме се побољшава принос производа.